Paru-paru terletak pada punggung dalam kura-kura di sepanjang karapasnya dan letaknya juga tepat di atas isi perut atau organ dalam lainnya. Tidak seperti veterbrata lainnya, bentuk kura-kura yang unik ini mencegah mereka bernafas dengan menggunakan gerakan rongga dada. Dan sebagai gantinya, kura-kura darat bernafas memakai kombinasi cara dimana hewan lainnya berfungsi hanya sebagian kecil dalam proses sistem pernafasan. Prinsip dalam gerakan ini adalah lengan dan otot dalam.  Inilah salah satu alasan kenapa kenapa kura-kura walaupun tempurungnya retak parah masih dapat bernafas tanpa ada halangan yang terlihat. Salah satu organ penting pernafasan lainnya adalah gerakan tulang hyoid pada dasar lidah. Gerakan ini menyebabkan naik turunnya pada kulit leher dan tenggorokan, membuat perubahan tekanan waktu di darat. Ini tidak seefektif pada sebagian kura-kura air, karena tekanan luar dari air mengurangi fungsi ini. Tetapi mereka tetap menggunakan gerakan hyoid untuk mengeluarkan atau memasukan air dari hidung untuk membantu mencium lokasi makanan dan pada saat kawin dalam air. Beberapa jenis seperti kura-kura bertempurung lunak dapat mengambil oksigen dari air yang dihirup ke mulut dan tenggorokan.

Pada kura-kura air, ada hubungan antara jumlah udara dalam kantung panjang dan cairan disimpan dalam kandung kemih dan kantung kloaka. Kura-kura mengaturnya untuk mengatur keapungan ke posisi yang diinginkan. Jika jenis aquatik terkena radang paru-paru, kemampuan mereka untuk berenang atau menyelam dengan aman langsung terpengaruh. Mereka terlihat sering istirahat pada satu sisi atau menggunakan waktu yang tidak yang biasanya diatas air terus menerus.

Radang paru-paru adalah masalah utama bagi semua kura-kura darat dan kura-kura air dan dapat terjadi. Relatif dengan ukuran badannya paru-paru reptilian lebih besar daripada dalam total volumennya daripada paru-paru mamalia tetapi lebih kecil luas permukaan yang berfungsi. Mereka juga tidak memiliki cilia yang efektif sehingga mereka tidak dapat batuk. Efek ini membuatnya sangat sulit untuk mengeluarkan ingus(muscus) atau benda asing lainnya. Dan akibatnya, meskipun radang paru-paru yang ringan pun dapat menjadi parah dengan cepat sekali. Oleh sebab itu jangan pernah menyepelekan gejala-gejala pernafasan pada kura-kura seperti megap-megap, pernafasan mulut terbuka dan tidak dapat berenang secara normal pada jenis aquatik atau ingus keluar dari hidung atau mulut.